낮비의 실험실

Dynamic Light Scattering (DLS), Zetasizer 분석 시 Tip / Troubleshooting DLS는 광원의 레이저가 샘플 속의 입자들에 의해 산란되는 현상을 이용하여, 입자들의 크기 분포를 분석하는 기술이다. 생명과학, 재교과학 등 다양한 분야에서 이용되며, 그중 DDS 측면에서 Nanoparticle을 측정할 때 필요한 정보들을 공유하고자 한다. Nanoparticle 혹은 측정하고자 하는 물질에 일정한 파장의 광입자를 쏘아 보내고, 산란되어 나오는 빛의 각도와 강도 등을 측정하여 입자의 운동 상태, 입자의 크기, 분산 등을 계산할 수 있다. 브라운 운동 등 자세한 원리는 다른 블로그 글 등에서도 쉽게 찾을 수 있으리라 생각되며, 데이터 분석 시 개인적으로 팁이라 생각하..

실험 제목 : Cell subculture / 세포 계대 - Protocol 실험 재료 : Dulbecco's phosphate buffer saline (DPBS), Trypsin-EDTA (TE), 10% FBS Media (이번 실험에서는 DMEM 사용) 실험 내용 플라스크 내에 세포의 양이 너무 많아지면, 세포를 떼어내어 일부를 새 flask로 옮겨주는 과정이 필요한데 이 과정을 Cell subculture (세포 계대)라고 한다. Adherent cell의 경우 플라스크 바닥에 붙어서 점차 증식하는데, 따라서 단백질을 끊어주는 trypsin과 cadherin 결합에 필요한 칼슘 이온의 chelator인 EDTA를 이용하여 떼어내 준다. 그 후 필요에 따라서 일정 양을 다음 flask로 옮겨주게 ..

실험 제목 : Animal cell culture - Stock thawing (HEK293 cell) 실험 재료 : Cell stock, 10% FBS DMEM (혹은 RPMI 등 각 cell에 맞는 media) 실험 내용 액체 질소에 보관 중인 Cell stock을 녹여서 cell culture flask로 옮겨서 키우는 과정이다. Stock을 만드는 과정에서는 삼투압과 온도에 의한 세포 손상을 막기 위해서 천천히 얼리는 것이 중요하지만 thawing 과정에서는 빠르게 녹여서 세포를 안정적인 환경으로 옮겨주는 것이 중요하다. 실험 방법 1. 액체 질소 보관함에서 cell stock을 꺼내 준다. - 보호장비를 잘 착용하는 것이 좋고, 너무 빠르게 꺼내면 액체질소가 흘러내린다. - 쇠 막대기로 저 부분..

실험에 있어서 통계적 유의미함 (statistical significance)는 매우 중요하다. 통계적으로 유의미 하지 않고 단순 경향성만 보이게 되면 신뢰도가 많이 떨어지게 되고 높은 저널에 투고하기 쉽지 않다. 특히, RT-PCR처럼 미세한 실험 스킬에도 큰 영향을 받아 error bar가 전체적으로 크게 나오는 실험들 같은 경우, '아 이 값만 뺄 수 있다면' 같은 생각을 하게 될 것이다. 물론, 마음대로 빼게 된다면 데이터 조작, 데이터 마사징을 하게 되는 것이다. 이 때, 할 수 있는 통계 처리가 있다. 많이 들어봤겠지만 Q test이다. Dixon's Q test는 측정값 내에서 의미가 없을 만큼 크게 값이 벗어나는 Outlier를 제거하기 위한 통계 장치이다. 전체 data set에서 단 한..

Stereotaxic injection (intracranial injection) - 두개골을 고정시킨 후 작은 구멍을 내어 주사로 물질을 주입하는 방식이다. Intravenous injection, intranasal injection 등과 다르게 원하는 뇌 부위에 직접 주사할 수 있고 뇌내 혈액 장벽 (BBB, Blood-brain-barrier)를 통과할 필요가 없기 때문에 circulation time 등 제형을 크게 modification 할 필요가 없다. 하지만, 전달 용량의 한계, 주사로 인한 뇌 세포 손상 등이 큰 문제이다. 특히, 뇌 같은 경우 세포 재생이 어렵기 때문에 주사 바늘로 인한 손상이 일어나면 영구적으로 문제가 발생할 수 있다. 따라서, 실제 stereotaxic inject..

1. 900 ml D.W에 108 g Tris와 55 g Boric acid를 넣어준다. 2. 40 ml의 0.5 M EDTA를 따로 준비한다. (pH 8) - pH를 8로 맞추지 않으면 제대로 녹지 않는다. 3. 두 용액을 섞어준다. 4. pH를 ~8.3 으로 맞춰준다. 5. D.W를 추가하여 1000 ml로 맞춰준다. Tips - EDTA의 pH를 제대로 맞추지 않으면 stirring 하고 가열하여도 녹지 않는다. - 이 버퍼는 기본적으로 agarose gel electrophoresis를 할 때 사용 되며 agarose gel을 만들 때도 사용 된다. 전기 영동기 안에서 0.5 X 혹은 1 X 를 부어준다.

실험 제목 : Gel retardation assay 실험 재료 : TBE buffer, Agarose gel, Staysafe neucliec acid stain (EtBr로 대체 가능), 6 x loading dye ( 2 h 소요) 실험 내용 Nucleic acid와 Vector가 complex를 형성하는지 확인 할 수 있다. 이 때 vector의 양을 점점 늘려가면 어떤 비율에서 complex를 형성하여 유전자를 retardation 시키는지 알 수 있다. 실험 방법 1. TBE buffer 50 ml에 agrose를 0.5 g 넣어준다. ( oligo DNA 를 detection 하기 위해 1% gel을 사용하였다. ) Agarose cel % (w/v) Size Resolution 0.5 1 ..

실험 제목 : in vitro luciferase assay protocol 실험 재료 : Reporter Lysis 5X buffer, scraper, Luminoplate, BCA 실험 재료 ( 소요시간 : 1~2 hr ) 실험 내용 Substrate인 luciferin과 반응하여 발광하는 luciferase의 특성을 이용하여 단백질의 발현 정도를 측정하는 실험이다. Luciferase 유전자를 DNA 혹은 RNA 등으로 전달한 후 발현하는데 시간이 걸리므로 transfection 후 24 hr 정도가 지난 후에 제대로 된 발현량을 관찰 할 수 있다. Cellular uptake 외에도 endosomal escape, nucleus localization 등의 다양한 요소들이 최종적으로 발현량에 영향..

평일 실험 스케쥴을 위해 소중한 일요일 오후에 연구실에 나와서 준비한 세포들. 하지만 다음날 노란색으로 변해버린 media와 계란 썩는 듯한 냄새가 나는 plate! 무엇이 문제였을까? 특히 대학원 연구실 생활 첫 학기에 가장 많이 발생하는 세포 오염 (Cell contamination)에 관한 내용입니다. In vitro 에서 세포를 다룰 때에는 체내에 있을 때와 달리 면역 시스템이 bacteria, fungi, virus 등의 외부 오염원으로부터 지켜주지 않기 때문에 clean bench 사용 미숙, 오염 된 실험 도구 및 배지 사용, 파이펫 사용 실수와 같은 다양한 원인으로 인해 오염이 될 수 있습니다. 문제는 이러한 contamination이 실험실 전체에 퍼지게 되면 어떤 실험을 하던 결과가 제..